Just cleaned up some codes

Just cleaned up codes

・JsonTerm の reduce() がうまくいかない不具合を修正． ...

・Simulator でイベントが発火しない場合があったのを修正．

・ダブルクォーテーションの処理の改善に伴う不具合の修正． ...

・JSONアクセッサの直後に演算子が続いた場合の処理が不正だったのを修正．
・EventクラスでのNULL処理の追加．
・Resourceクラスにおいてリソース階層の型が不明（null）だった場合の処理の追加．

文字列リテラルの内部が他の区切り文字で分割されないようにした．

シミュレーション機能において，生成されるリソースの状態が間違っている場合があった．

Merge pull request #113 from nitta-lab/two-stage-modeling ...

SimulatorTest.java のテストが通らないけどマージします．

Organized imports in SimulatorWindow.java

Merge branch 'dynamicResourceCreation' into two-stage-modeling ...

# Conflicts:
#	AlgebraicDataflowArchitectureModel/src/application/simulator/SimulatorWindow.java

Merge pull request #112 from nitta-lab/interfaces ...

確認が済んだのでマージします。

・モデルファイル中の JSON を Term ではなくて，JsonTerm として読み込めるように改良． ...

・シミュレーション機能で，リソースを任意の深さの JSON の値で初期化できるように修正．

Just sorted methods in Editor.java

Cleaned up some codes in OpenAction.java

・モデルファイル読み込み時に，init{} 内で model への ResourceHierarchy の登録をしていなかった． ...

・シミュレーション時に，子孫を持つルートリソースの初期化ができていなかった．

モデルファイルで，init {} の直後に native キーワードが来る場合を想定していなかった．

still buggy

Fixed the bug that constructed graph is collapsed after selecting PushPullSelectionStage again

Just cleaned up some codes.

Fixed the bug that mxGraph is not showing after open a model file.

Remove layer logics

Cleaned up codes in Editor.java

Restored whole layer logics

Started restoring layer logics

シミュレータ機能で，ウィジェットの位置やサイズを指定できるようにした．

Finished migration but still buggy

Removed Layer logic in Stage.java

Make the window center on screen on start up

Organized imports, fixed typo and removed unnecessary comment in NewResourceAction.java

Deleted DataTransferModelingCellEditor.java

Cleaned up some codes in NavigationWindow.java