Cleaned up some codes in OpenAction.java

・モデルファイル読み込み時に，init{} 内で model への ResourceHierarchy の登録をしていなかった． ...

・シミュレーション時に，子孫を持つルートリソースの初期化ができていなかった．

モデルファイルで，init {} の直後に native キーワードが来る場合を想定していなかった．

still buggy

Fixed the bug that constructed graph is collapsed after selecting PushPullSelectionStage again

Just cleaned up some codes.

Fixed the bug that mxGraph is not showing after open a model file.

Remove layer logics

Cleaned up codes in Editor.java

Restored whole layer logics

Started restoring layer logics

シミュレータ機能で，ウィジェットの位置やサイズを指定できるようにした．

Finished migration but still buggy

Removed Layer logic in Stage.java

Make the window center on screen on start up

Organized imports, fixed typo and removed unnecessary comment in NewResourceAction.java

Deleted DataTransferModelingCellEditor.java

Cleaned up some codes in NavigationWindow.java

Now navigation window is working.

Added menu item to show navigation window.

Fixed that forgot to register navigation window to stage change listener

Added some fields and methods related to stage system.

Cleaned up some codes again

Cleaned up some codes

Added navigation window skeleton

Reverted all changes and added logic skeleton

Simulatorにタイマー機能を追加．

・SimulatorTest が途中で落ちていたので修正． ...

・UISimulatorWindow 上の操作内容をリアルタイムで，SimulatorWindow に反映できるように修正．

・inputText を textInput に修正した．（SimpleUI.model の内部も修正．） ...

・画面の全体ではなくて，実際に更新した部分だけを更新するように修正した．（そうしないとテキスト入力欄に文字入力できなくなってしまうため．）
　- それに合わせて，SimpleUI.model の ScreenUpdate チャンネルも遷移前の画面の情報と遷移後の画面の情報を
Swing 側に送れるようメッセージを update(curSc, nextSc) と修正．
　- SwingPresenter 内部を，削除された widget と追加された widget のみを更新するようにあちこち修正．
・SwingPresenter が SetText チャンネルのメッセージを受け取れるようにした．
・ComponentTextSender がテキスト入力イベントを受け取っていなかったので，受け取れるように修正．
・INativeReceiver の onReceiveFromModel() メソッドに引数を追加．（すべての実装クラスに影響．）
・リソースの状態（ResourceState）を複製可能に（Cloneableを実装）し，clone() メソッドをオーバーライドした．
・SystemState も状態遷移をするたびに，Resource のインスタンスを複製するようにした．
・テキスト入力欄（textInput）に text 属性を最初から持たせるように，SimpleUI.model
を修正した．（初期値は空文字列で．）

シミュレータのUI周りのパッケージの整理．