DAGLayout で落ちたり無限ループしていたのを修正．

Citrus.model に対してシミュレーション機能が動くようにした． ...

・シミュレート時に，入力チャンネルの受信リソースとして，チャンネル外部のリソースが選ばれないようにした．(InputEventCellEditor.java)
・シミュレート時に，入力チャンネルの非受信リソースのパスパラメータにメッセージの内容が反映されていなかったのを修正．(Event.java)
・シミュレート時に，入力イベントに対して dependingParameters
の更新をしていなかったのを修正．(Simulator.java)
・シミュレート時に，チャンネルの出力側リソースの更新を行うときに，チャンネルセレクタの値を使っていなかったのを修正．(Simulator.java)
・シミュレート時に，子リソースや孫リソースのリソース階層が定義されていなかった場合にリソース定義をし，さらにリソース階層に対して型を定義するようにした．(SystemState.java)
・型が指定されていなかった場合でも祖先判定が落ちないようにした．(Type.java)
・子リソースの集合が初期化されていない場合があった．(ResourceHierarchy.java)

ひとつ前の修正で間違えてコミットしてしまったのを元に戻した．

・文字列に対する == と != の演算を equals() を使って判定するようコード生成するように修正した． ...

・子リソースの getter の仮引数が多すぎるという不具合を修正した．

・チャンネルセレクタが複数定義されていたときにモデルファイルが読めなかった不具合とシミュレータが正しく動作しなかった不具合を修正． ...

・チャンネルが階層化されていたときにシミュレータにメッセージを送信できなかった不具合を修正．
・シミュレータのメッセージ選択ダイアログをシミュレータウィンドウの上に表示するようにした．

文字列リテラルの内部が他の区切り文字で分割されないようにした．

Organized imports in SimulatorWindow.java

Merge branch 'dynamicResourceCreation' into two-stage-modeling ...

# Conflicts:
#	AlgebraicDataflowArchitectureModel/src/application/simulator/SimulatorWindow.java

Just sorted methods in Editor.java

Cleaned up some codes in OpenAction.java

still buggy

Fixed the bug that constructed graph is collapsed after selecting PushPullSelectionStage again

Just cleaned up some codes.

Fixed the bug that mxGraph is not showing after open a model file.

Remove layer logics

Cleaned up codes in Editor.java

Restored whole layer logics

Started restoring layer logics

Finished migration but still buggy

Removed Layer logic in Stage.java

Make the window center on screen on start up

Organized imports, fixed typo and removed unnecessary comment in NewResourceAction.java

Deleted DataTransferModelingCellEditor.java

Cleaned up some codes in NavigationWindow.java

Now navigation window is working.

Added menu item to show navigation window.

Fixed that forgot to register navigation window to stage change listener

Added some fields and methods related to stage system.

Cleaned up some codes again

Cleaned up some codes